船務代理業者因代外國國際運輸事業支付進口費用而產生之溢付稅額，可核實退還
財政部表示，在中華民國境內無固定營業場所而有代理人之外國國際運輸事業，其所屬船舶載運進口貨物來臺卸貨，由船務代理業者代其支付港灣、棧埠等費 用，取得以該代理業者名義之進項稅額憑證，並按該部96年1月17日台財稅字第09604504340號函規定申報扣抵銷項稅額者，該代理業者申報上開進 項稅額扣抵而產生之溢付稅額，准依加值型及非加值型營業稅法（以下簡稱營業稅法）第39條第2項但書規定，由主管稽徵機關查明後核實退還。
財政部說明，外國國際運輸事業在中華民國境內無固定營業場所而有代理人者，按營業稅法第2條第3款但書規定，係以該代理人為營業稅之納稅義務人。按此， 該部96年1月17日台財稅字第09604504340號函規定，外國國際運輸事業所屬船舶載運進口貨物來臺卸貨，由其船務代理業者代為支付港灣、棧埠等 費用，取得以該代理業者名義之進項稅額憑證，按該部76年10月13日台財稅第760074195號函規定，准予申報扣抵銷項稅額。至船務代理業者向外國 國際運輸事業收回上開代墊款項，核非屬銷售貨物或勞務取得之代價，無須開立統一發票及報繳營業稅。
財政部進一步說明，船務代理業者因 代為收取進口運費，依營業稅法第4條第2項第2款規定非屬課稅範圍，其墊付進口費用所產生之溢付稅額，依營業稅法第39條第2項規定，以留抵應納稅額為原 則，但情形特殊者，得報經該部核准退還。考量此類船務代理業者主要係代理國際運輸事業辦理船舶進、出港業務並收取代理費收入，其代理費收入之銷項稅額低於 其因墊付進口費用所產生之溢付稅額係為常態，如予留抵將造成此類船務代理業者溢付稅額愈形累積之情況，該部爰核釋船務代理業者發生類此情形准依營業稅法第 39條第2項但書規定，退還其溢付稅額。又為簡化行政手續，縮短退稅時程以維護營業人權益，此類案件授權主管稽徵機關查明辦理，毋須逐案報部核准。
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