新版勞基法第四十條之一雇主依規定使勞工延長工作時間後十日內，依勞工意願選擇補休並經雇主同意者，應依規定之標準計算補休時數。
雇主經徵得勞工同意於休假日工作後十日內，依勞工意願選擇補休並經雇主同意者，應依休假日工作之日數給予補休。補休，應於事實發生後六個月內依發生時間先後順序補休，逾期或契約終止時未補休者，應依發生時之工資計算標準發給工資。
企業加班情境的發生，需要人員的工作排定、加班工作的管理與加班費的計算，挑戰人資人員在工作安排的控制能力。針對加班費計算的調整，這部分也是一例一休影響幅度最大的部分，台北國稅局表示，所得稅法規定，超過每月46小時的加班費，應計入勞工的薪資所得課稅。而勞基法規定，勞工每日正常工時加延長工時不得超過12小時，延長工時每月不得超過46小時。在勞動基準法所定的例假日、休假日與特別休假日執行職務，其工作時間未超過八小時的部分，且支領的加班費符合規定，就不計入每月延長工作時間總時數，且免納所得稅；但超過八小時的加班時數，須計入每月延長工作總時數內。
若雇主需要勞工於休息日出勤，在取得勞工同意，並要給付法定加班費。根據新法規定，除本薪外，加班前2小時需加付1又1/3倍，第3小時起則須加付1又2/3倍。薪資發給以4小時為單位，加班未滿4小時仍需支付4小時的加班費；加班4小時以上未達8小時，則支付8小時，雇主若違法，將可處2萬元以上至100萬元以下的罰鍰。
各類加班日情境與需要因應時段給予不同計算級距，系統針對休息日也做了加班時數的分段，以利登打加班費時可進行多種不同時數的加班費計算，並增加超時加班的提醒。各類加班情境可以在文中(NHRS)人資管理系統建立計算邏輯。